Если позанудствовать, то НДС считают по счетам-фактурам (хотя, сейчас допускается и объединённая с накладной форма). Но в том и вся писечка. Допустим, у тебя было 10 лямов поступлений на счёт. Ты насобирал с продавцов и контрагентов фактур с закупок на сумму 9.5 лямов. Честно заплатил 0.5 * 0.2 = 0.1 лям НДС (не будем сейчас заморачиваться на тонкостях в виде определения факта продаж). А через какое-то время тебе приходит электрическое письмо от налоговиков, что ты заплатил НДС меньше минимума, который по их мнению теперь должен составлять 1.1 ляма. Т.е. налоговая считает, что у тебя не может быть больше 50% закупок, хотя, реально они доходят до 80% от суммы договора, . "Но почему!" - удивляешься ты и показывешь свои фактуры. "А по кочану" - отвечает налоговик - "у нас новый циркуляр". Либо доплачивай лям, либо доказывай, что эти фактуры не были подложными". "Но как они могут быть подложными, когда вы уже 4 года оуществляете их автоматический сквозной контроль?". -"А не ипёт!". Либо деньги на бочку - либо вызов на "правиловку" с последующей камеральной проверкой, плавно переходящей в выездную. А для начала этой проверки надо притащить налоговикам: все фактуры в бумажном виде, справку о численности сотрудников, справки из ФСС и ПФ, все договора со спецификациями, состояние склада. И по каждому пункту тупая девочка с 3мя классами церковно-приходской будет сверять - а нужна-ли была тебе закупка этой позиции для исполнения договора. А как ты оприходовал на склад эту позицию. И можно-ли при такой численности соирудников выполнить договор. И почему эту работу отдали ИП, а не штатному сотруднику. Вообщем, выполнять функции технического эксперта. Отбиться без потерь от этого нереально. Это хуже допроса партизана эсэсовцем. И по каждому найденному несоответствию будет уже не только доначисление НДС, но и штраф, а то и уголовка (при достаточной сумме и повторных "нарушениях" в течение периода). Поэтому, НДС проще доплатить. Бухгалтер отправляет корректировку, из которой просто убирается часть НДС, а неиспользованные счета-фактуры либо оставляются до лучших времён, либо выкидываются в сортир.
Причём, эти суки прямо так и пишут в требованиях безо всякого стеснения: "вызов в ГНИ может быть аннулирован в случае доплаты НДС до необходимых значений". НДС это самый священный налог, за который "этастрана" (tm) может порезать тебя на куски и впаять чуть не госизмену. И началось это после Крымнаша. Благодаря этому бюджет 17-18 годов был исполнен с превышением плана за счёт разорения бизнеса. И теперь наступил писец, когда требовать уже не с кого.