Балансируют управляющими движками на концах посадочной фермы. На видео хорошо видно. Плечо получается большое, тяги даже небольших движков хватает. Не бог весть какая сложная задача при современном уровне техники. Вот датчики, уверенно позиционирующие махину в условиях отсутствия видимости и сильной вибрации - это действительно достижение.
Гораздо интересней другой вопрос - как они собираются все это реализовывать на практике, а не на демонстрационном прототипе. Для начала надо отработавшую ступень как то развернуть, подвести обратно к стартовой площадке. Ясно, что это должно быть реализовано аэродинамически, а не тягой двигателей, иначе никакого топлива не хватит. Потом надо всю махину повернуть жопой вниз, выдвинуть откуда-то посадочные фермы и, собственно, посадить. Двигатели включаются только на последнем этапе, естественно. Все вышеописанное маневрирование накладывает определенные ограничения на конструкцию, в частности на прочность ступени, так как нагрузки действуют не только вдоль корпуса, как на одноразовых носителях, но и поперек. Плюс складывающаяся ферма и, вероятно, складывающиеся крылья - все это не лучшим образом скажется на весовой эффективности носителя. Думаю, Маск деньги считать умеет, поэтому, скорее всего, у них получится. Но не скоро. Работа только началась, там еще пахать и пахать.