Опять - не надо смешивать АУГ и транспортный самолёт.
Транспортные самолёты обычно не летают там, где им грозит серьёзная опастность. А если летают - их нередко сбивают.
В современной истории (после 2МВ) нет примера уничтожения авианосца. В ходе англо-аргентинского конфликта ВВС Аргентины пытались, но не вышло. И это при том, что ПВО авианосца в Англии куда слабее. С другой стороны, ВВС Аргентины на 1982г были недостаточно современными, скорее находясь на уровне развития конца 60-х гг.
Серьёзную опастность для АУГ (кроме ядерного оружия) представляют современные сверхзвуковые ПКР, например российский "Гранит". Например, атомные крейсра типа "Киров" несут по 20 таких ракет, ПЛ "Оскар-1/2" ("Курск" была ПЛ этого типа) - по 24. По советским расчётам одновременная атака 24 таких ракет должна была прорвать ПВО авианосца.
С другой стороны, в последние годы США много внимания уделяют защите от таких ракет. Так, фирма Боинг на базе российской ПКР Х-31А (обозначение в НАТО AS-17 Krypton) создало сверхзвуковую мишень для тренировки ПВО МА-31 (в 1996г - начало испытаний; в 1999г - подписан контракт на поставку первых 34; с 2001г - поставки ВМС США).